Enredo do jogo

[dragon]

Em um mundo onde troféus ganham vidas, lutas ocorrem. As lutas são a razão da existência destes. Quando alguém quebra as regras, o mundo pagará caro por isso.[61] Em uma arena de batalha, Mario e Kirby lutam entre si, sendo assistidos pelas princesas Zelda e Peach Toadstool. Dependendo do vencedor, o outro fará com que o derrotado volte a viver. Porém, uma nave aparece ao longe, trazendo o The Subspace Army junto de seu líder, o Antigo Ministro. Nocauteando Mario e o mandando para muito longe, Kirby enfrenta o gigante Petey Piranha para libertar Zelda ou Peach. Quando salva uma, a outra é transformada em troféu por Wario e é capturada. O Antigo Ministro, usando a Bomba do Submundo, explode a arena, fazendo-a ser engolida pela escuridão. Kirby e a princesa fogem, enquanto o enviado da Deusa Palutena, Pit, sai de seu palácio para combater o The Subspace Army. Durante sua jornada nas nuvens, Pit alia-se a Mario.

A história se desenrola com outros personagens aparecendo, como Donkey Kong e Diddy Kong, Link e Yoshi e Samus e Pikachu. Mais tarde, é revelado que a nave, conhecida como Halberd, foi roubada de Meta Knight, que se alia a Ike e Marth para recuperá-la e se vingar. Vários acontecimentos ocorrem ao mesmo tempo, tais como a captura de Donkey Kong, o combate entre Mario e Link e outros. Quando Meta Knight encontra sua nave, tenta abordá-la subindo uma montanha, deixando Marth e Ike com Mario, Pit, Kirby, Link e Yoshi, que se juntaram também ao Treinador Pokémon e Lucas. Na montanha, Meta Knight encontra Ice Climbers e no topo, luta com Lucario e os os dois abordam o Halberd, encontrando Solid Snake ali. Salvando a nave do terrível Duon, todos se reúnem na costa do mundo. Em uma ilha flutuante, Samus e Pikachu se aliam a Diddy Kong, Donkey Kong e aos capitães Captain Falcon e Olimar. Eles descobrem o plano do The Subspace Army, que é destruir e transformar todos em troféus para dominarem o mundo.

Descobre-se que o Antigo Ministro é um servo de Ganondorf. Não contente com a situação dos R.O.B.s na Ilha dos Antigos (Em Inglês, Island of Ancients), o Antigo Ministro se revolta, revelando-se o Mestre dos R.O.B.s. Porém, com o poder de Ganondorf, ele controla todos os R.O.B.s, que, usando mais de cem Bombas do Submundo ao mesmo tempo, explodem a ilha flutuante, obrigando os heróis a saírem de lá. Mostrando sua arma definitiva, o Subspace Gunship, Ganondorf tem seus planos destruídos pelos heróis, que destroem a arma e se infiltram no submundo. É revelado que Ganondorf, o Antigo Ministro e outros estavam servindo à Master Hand, uma entidade de fora do mundo dos troféus, e que esta estava sendo manpulada por um ser ainda mais maligno, conhecido como Tabuu. Ele, com seus poderes adquiridos com o número de Bombas do Submundo, libera sua energia e transforma todos os heróis e vilões em troféus, dominando o mundo.

Contudo, Tabuu não esperava que um de seus servos, o Rei Dedede, descobrisse sua trama. Dedede elabora um plano próprio para reviver alguns troféus, como Luigi e Ness, e poder contra-atacar o humanoide. Resgatando todos os derrotados, os heróis, com a ajuda de Sonic the Hedgehog, enfrentam e derrotam Tabuu, revertendo o efeito das Bombas do Submundo e retornando às suas vidas normais. Porém, há um lugar onde o efeito não pôde ser revertido, a Ilha dos Antigos. The Subspace Emissary termina com os personagens olhando para o horizonte, observando uma marca em "X", o lugar onde ficava a antiga ilha que foi uma Utopia no passado.[62]